Una din principalele probleme care exista în arheozoologie o reprezintã alegerea metodei adecvate pentru prelevarea exhaustivã a materialului.
Principalele metode de prelevare aplicate în arheozoologie sunt:

prelevarea «la ochi» sau directã a materialului faunistic (cea mai des utilizatã);

prelevarea unei cantitãţi de sediment ce ulterior va fi cernutã de preferinţã sub jet de apã sau la sec prin site de diferite dimensiuni (de preferat 0.5, 1, 4 mm, precum şi altele

Determinarea

La acest nivel intervin cunoştinţele de anatomie comparatã. Determinarea depinde de calitatea materialului faunistic, care poate fi mai mult sau mai puţin fragmentat. De acea, determinarea se bazeazã pe acele caracteristice constante ale scheletului specifice speciei, genului sau familiei. Pentru aceasta este nevoie de o vastã experienţã ca şi de un variat referenţial bibliografic şi desigur cel mai important o colecţie de referinţã (anatomie comparatã).


Osteometrie

Osteometria este o ramurã a biometriei fiinţelor vii care cerceteazã dimensiunile scheletului lor. Acestea au în comun necesitatea unei definirii precise a parametrilor mãsuraţi, şi recursul la un anumit numãr de reprezentãri statistice pentru a face ca mãsurãtorile individuale sã caracterizeze populaţiile.

Tafonomie

Tafonomia se ocupã cu studiul factorilor care transformã un ansamblu viu într-un ansamblu fosil. Din momentul în care animalul este sacrificat pânãîn momentul în care resturile sale sunt descoperite, materialul suferã mai multe transformãri. Primele apar la moartea animalelor care poate avea mai multe cauze. În general, în trecut animalele erau sacrificate cu predilecţie pentru consumul carnat, şi ocazional în contexte rituale. Urmele care atestã uciderea animalelor pot fi evidenţiate la nivelul craniului şi toracelui, fiind vizate în principal zonele vitale.

Urme de dinţi

Înregistrarea datelor

Pentru o înregistrare cât mai completã a datelor se foloseşte o fişã de lucru caracteristicã metodei de lucru al fiecãrui specialist. Datele obţinute vor fi introduse şi stocate pentru fiecare staţiune arheologicã într-o bazã de date computerizatã. Acest lucru permite gestionarea eficientã a informaţiei arheozoologice, mai ales în cazul unor cercetãri arheologice sistematice.